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◎這場人類病原體的戰爭互有輸贏，人類最大的勝利是消滅了天花病毒，其他利用疫苗並沒有真正戰勝病毒。

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近代「流行病的歷史」重要的述如下
14世紀，黑死病（瘟疫）席捲歐洲。據說這次流行病已導致約25至3000萬人死亡，約占當時歐洲人口的三分之一。之後，瘟疫一共造成了3次大流行（瘟疫史）。
16世紀，哥倫布帶來的天花肆虐美洲，使對天花沒有免疫力的土著人口減少到十分之一左右。天花的流行也摧毀了當地的政治力量，如阿茲特克和印加帝國，促成了兩國的衰落和西班牙對新世界的征服。
在19世紀和20世紀期間，霍亂在不同地區造成了七次流行病。1855年中國爆發慢性鼠疫流行，1894年蔓延到香港，但阻止了疫情向香港以外地區蔓延也是針對傳染病的國際防疫體系的開始。
1918年，西班牙流感（influenza）在美國爆發，由於第一次世界大戰期間美軍大規模部署到歐洲前線而被帶到歐洲，然後蔓延到其他地區世界。這場流行病一直持續到1919年，造成約2至5千萬人人死亡。這一時期是第一次世界大戰的末期，全面戰爭體制下軍隊和工人在世界範圍內的積極流動，使破壞更加嚴重。疫情通過鐵路、河流等交通通道，從沿海港口城市向內地蔓延。
1980年代以來，全球愛滋病患者數量不斷增加，但在感染最嚴重的撒哈拉以南非洲地區，有些國家的總人口感染率超過30%，幾個國家的預期壽命顯著縮短。
自2019年12月以來，由新型冠狀病毒(SARS-CoV-2)引起的急性呼吸道疾病(COVID-19)從中國湖北省東部武漢市蔓延開來。冠狀病毒的流行相當於大流行病。
二、認識病毒
病毒（virus）英文「virus」源自拉丁文「virus」，意為病毒因子，就是利用其他生物體的細胞進行自我複製的微觀傳染性結構。病毒是否活的生命有機體曾有爭議，因為沒有細胞，而細胞是生命的最小單位，也沒有生物膜、細胞器或自我增殖能。
關於病毒所導致的疾病，早在公元前2－3世紀的印度和中國就有了關於天花的記錄，1892年，俄羅斯的德米特里·伊凡諾夫斯基發現煙草花葉病的病原體可以通過細菌過濾器（材料是未上釉的黏土）而不會失去其傳染性，他認為這是一種無法用光學顯微鏡觀察到的微觀實體。但是，他並沒放棄此病原體是細菌的想法。與這項研究不同的是，1898年德國的弗雷德里希·勒夫勒（Friedrich Loeffler）和保羅·弗羅施（Paul Frosch）試圖分離出口蹄疫的病原體，發現它是一個相似的實體，並稱其為「可過濾病毒」。同年，荷蘭的馬丁烏斯·貝傑林克(Martinus Beiering)重複了伊凡諾夫斯基的實驗，並相信這是一種新的感染性物質，將同樣發現但性質不明的病原體稱為「Contagium v​​ivum fluidum」（可溶的活菌）並進一步命名為filterable virus（濾過性病毒）。
勒夫勒認為可過濾的病原體是微小的細菌，但其他科學家認為這是分子，他認為這些分子會感染細胞並繁殖，但此一主張沒有立即被接受。
1935年，美國溫德爾·梅雷迪思·斯坦利(Wendell Stanley)將煙草花葉病毒結晶成功，首次使病毒在電子顯微鏡下可見到。他發現的晶體也證明是具有感染的能力，也能夠像化學物質一樣結晶的生物體，此研究震驚了生物界和科學界，由於這項工作，他獲得了1946年的諾貝爾化學獎。
如果把病毒看成是活的有機體，它是地球上數量最多、種類最多的，如果不看成是活的有機體，個體數量最多的是微生物，物種數量最多的是甲蟲。
殘留在宿主體內的病毒衍生基因參與生物進化，也影響地球的生態系統和氣候。有些病毒是動物、植物和幾乎所有其他生物所特有的，儘管有一些病毒會引起包括人類在內的動植物的傳染病等疾病，但還有170萬種在野生鳥類和動物中有宿主的病毒尚未被發現或分析，其中一半存在於人和動物體內，估計有成為常見傳染病病原體的風險。
病毒是非細胞的，沒有細胞質，基本上是由蛋白質外殼和核酸組成的顆粒，依核酸差異可分為RNA病毒及DNA病毒。
DNA病毒可分為單鏈DNA病毒（無包膜）和雙鏈DNA病毒（可有包膜）。病毒都含有遺傳物質（RNA或DNA），所有的病毒也都有由蛋白質形成的外殼，用來包裹和保護其中的遺傳物質，DNA病毒較少，有B型肝炎、腺病毒、皰疹、水痘，天花、乳突病毒等，RNA病毒較多，著名的有愛滋病（AIDS）、伊波拉出血熱、嚴重急性呼吸道症候群（SARS）、2019冠狀(武漢)病毒（COVID-19）、流行性感冒、C型肝炎、西尼羅河熱、脊髓灰質炎、麻疹、登革熱等。
DNA病毒突變速度慢，較好控制，RNA病毒突變快難以掌控，研發成功實用的疫苗以DNA病毒居多，因RNA病毒突變快，RNA病毒多是單鏈，雙鏈結構的DNA受到損傷後只要留有一邊的資訊還在就可修復，而單鏈的RNA受到傷害了以後無法修復，只能「將錯就錯」，產生突變，所以其穩定性大不如DNA。

三、病毒的感染與症狀
病毒感染的第一步是吸附到其細胞表面，當病毒接觸宿主細胞時，病毒表面的蛋白質會靶向並吸附暴露在宿主細胞表面的任何分子，此時細胞側的目標分子稱為病毒的受體。病毒是否感染取決於細胞是否具有病毒受體，典型的病毒受體是流感病毒氣道上皮細胞的唾液酸糖蛋白（Sialoglycoprotein）和愛滋病毒輔助性T細胞表面的「表面抗原分化簇4受體」(Cluster of Differentiation 4 receptors，CD4分子)。吸附在細胞表面的病毒顆粒隨後進入細胞內繁殖，入侵機制因病毒而異。
而冠狀病毒人體細胞受體是血管緊張素轉化酶2（angiotensin converting enzymeACE2），新型冠狀(武漢)病毒（COVID-19）刺突蛋白(Spike protein，S蛋白)對血管緊張素轉化酶2的結合力比SARS病毒高出10倍以上。研究顯示新型冠狀(武漢)病毒比SARS病毒更容易進入人體細胞，這是新型冠狀(武漢)病毒傳染性較強的主要原因。
病毒感染途徑包括飛沫感染、空氣傳播感染、接觸感染、糞口感染、經血/體液感染、媒介感染和垂直感染。
1.飛沫傳染
這是當感染病毒的人咳嗽、打噴嚏等時，細小的飛沫（飛沫）進入周圍人的口鼻時傳播感染的途徑，流感病毒和其他病毒採用這種傳播途徑。
2.空氣傳播感染
感染者排出的含有病毒的微細飛沫（直徑5μm以下的飛沫）漂浮在空間中，被同一空間內的人吸入而感染。由於飛沫是非常小的顆粒，標準外科口罩不能防止感染。麻疹病毒、水痘帶狀皰疹病毒等均經此傳播途徑。
3.接觸感染
病毒從感染者的手或嘔吐物、糞便或鼻涕中所含的病毒進入口或鼻傳播感染的途徑。流感病毒、德國麻疹病毒、諾羅病毒和輪狀病毒等許多病毒都採用這種感染途徑。
4.其他
此外，還有透過血液和體液傳播的人類免疫缺乏病毒（Human Immunodeficiency Virus ，HIV）、B型肝炎病毒（HBV）、C型肝炎病毒（HCV）等病毒，以及通過胎盤或產道從母體傳播給胎兒的德國麻疹病毒、巨細胞病毒等病毒。有些也會引起感染的「垂直傳播」。
病毒感染的症狀因引起感染的病毒類型和感染部位而異。雖然症狀廣泛，但基本上是受感染的細胞受損，免疫系統發生反應，導致發燒、疼痛和功能障礙。例如，上呼吸道感染包括流感病毒、腺病毒、鼻病毒等感染鼻咽部粘膜的呼吸道感染，引起咽喉痛、咳嗽、流鼻涕、鼻塞、發熱等症狀。另外，在嬰幼兒和老年人中，病情惡化、炎症波及肺部、併發為肺炎的情況較多。
由諾羅病毒、輪狀病毒等引起的傳染性胃腸炎，多在秋季至冬季流行，病毒感染胃腸道細胞，出現噁心、嘔吐、腹瀉、腹痛、發熱等症狀，在嚴重的情況下，頻繁的腹瀉和嘔吐會導致脫水。
此外，麻疹病毒、德國麻疹病毒、單純皰疹病毒、水痘帶狀皰疹病毒等也可引起皮疹。眾所周知，肝炎病毒和人類乳突病毒(HPV)會改變細胞的特性並在很長一段時間內導致癌症。
四、新興病毒的迷與惑
人類自古以來就飽受各種傳染病的折磨。麻風病、鼠疫、梅毒、天花、霍亂、肺結核、流感、等許多傳染病在世界範圍內蔓延。傳染病奪走了很多生命，有時影響很大大，以至於改變了社會。
18世紀以來，醫學的進步導致疫苗和抗生素的發現，傳染病的防治獲得了進展。1980年，世界衛生組織（WHO）宣布消滅天花，這一傳染病過大一度成為威脅。
但，為何科學愈進步疾病不減反增，甚至出現了所謂新興病毒感染症( Emerging virus Infectious Disease）。
新興病毒感染症是對發病突然引起人們關注的傳染病的總稱，通常是指通過人類活動在當地或國際傳播的感染而且是一個公共衛生問題。
根據世界衛生組織（WHO）的定義，新發傳染病是「在過去20年內新發現的一種以前不為人知的傳染病，它會造成當地或國際公共衛生問題」這種傳染病成為該定義於1990年首次公佈，1970年以後發生的均按新發傳染病處理。
病原體有病毒、細菌、螺旋體、寄生蟲等多種多，由病毒引起的有愛滋病、伊波拉出血熱、拉沙熱(Lassa fever)等。
病毒：
新型流感病毒(A/H1N1)病毒、諾羅病毒感染、輪狀病毒感染、嚴重急性呼吸系統綜合症（SARS）、中東呼吸系統綜合症（MERS）、新型冠狀(武漢)病毒感染（COVID-19）、愛滋病（AIDS）、成人T細胞白血病（ATL）、病毒性肝炎、茲卡熱（ Zika fever ）、西尼羅河熱、發熱伴血小板減少綜合症(Severe Fever with Thrombocytopenia Syndrome，SFTS)，2009年大流行流感、禽流感、漢他病毒肺綜合症、拉沙熱、伊波拉出血熱、尼羅病毒感染等。
細菌：
腸出血性大腸桿菌（O157等）感染、幽門螺旋桿菌感染、彎曲桿菌症(Campylobacteriosis)、退伍軍人菌肺炎、耐多藥肺結核、耐甲氧西林金黃色葡萄球菌（Methicillin-resistant Staphylococcus aureus，MRSA）感染、暴發性溶血性鏈球菌感染、日本斑疹熱等。
寄生蟲：
隱孢子蟲病

朊病毒(prion)：
庫賈氏症(Creutzfeldt-Jakob disease ，CJD)

令人迷惑的是新興病毒來自何方？一說已經在地球上存在了幾十億年了，因生態遭人為破壞才由休眠狀態復活，也就是說，人類直到最近幾年才遇到或認識這種傳染病。
另一說法是實驗室中所改造的「人工病毒」。
一、天花的流行促使最早疫苗的誕生
疫苗產業的推手－天花傳染病
天花（variola、smallpox）是由天花病毒引起的傳染病之一，天花的拉丁名稱為「Variola」，源自意指「圓點」的「varius」或「疙瘩」的「varus」一字。英文世界一直稱其為「痘病」（Pox）或「紅瘟疫 」（Red Plague），直到15世紀英國人首度使用「Smallpox」一字為止，此稱呼旨在將之與時稱「大痘病」（Great Pox）的梅毒加以區分。
天花對人類的傳染性很強，會導致全身長膿疱，致死率非常高，平均約為20%至50%，即使病痊癒了，也會留下疤痕（通常稱為皮疹），以臉部居多、尤如麻臉。天花也是人類歷史上第一件經世界衛生組織（WHO）於1980年成功根除的唯一一種傳染病。
天花病毒是一種DNA病毒，直徑約為200奈米，是目前最大的病毒之一。天花原型病毒極有可能是從駱駝進入人體內，並在人體內發生變異成為天花病毒。天花病毒只在人類中感染並引起疾病，但是當膿疱的內容物移植到兔子的角膜中時，就會形成稱為帕西尼氏小體（Pacinian corpuscle，皮膚上一種被囊神經末梢）的包涵體，這是天花病毒的主體，還有牛痘、猴痘、駱駝痘等相關疾病。
猴痘病症往往非常嚴重可以危及人類生命，但其他密切相關的疾病如牛痘和駱駝痘也可以感染人類，但症狀非常輕微，如微發燒和水疱，此外，由此產生的免疫力與天花相似，利用這一特性才建立了預先給人類接種牛痘疫苗接種法，也實現了天花的根除。

天花痘
天花病毒具有高度傳染性，即使是從患者身上脫落的痂也可以在一年多的時間裡保持傳染性，接種疫苗是預防天花最好的方法，但天花疫苗的有效期約為5至10年，如果接種過多次疫苗的人感染了天花，稱為假痘，症狀很輕微，不留疤痕，也不可能傳染給他人。
天花的確切起源不詳，但最早的天花記載是古印度及古埃及或為天花的起源地，公元前1500年的一份印度醫學文獻記載了一種疑似天花的疾病，當時是公元前1350年赫梯人(hittite people)與埃及的戰爭。而最早確認死於天花的是公元前1100年代死於埃及的拉美西斯五世，在他的木乃伊身上發現了天花痕跡。
伊斯蘭聖書古蘭經的大象章節描述了公元570年左右埃塞俄比亞人(Ethiopians)對麥加的襲擊。埃塞俄比亞軍隊對麥加守軍有軍事優勢，但真主派鳥群（阿巴比勒）向埃塞俄比亞士兵的頭上扔石頭。有說法稱他們撤退了，有一種理論認為，埃塞俄比亞軍隊中的天花流行被描繪成一個神聖的奇蹟。
公元前430年古希臘的「雅典瘟疫」也被稱為「雅典瘟疫」，但有記載的症狀表明它是天花。從165年開始肆虐羅馬帝國長達15年之久的安東尼瘟疫，又稱天花，至少造成350萬人死亡。
之後，自12世紀十字軍遠征帶入後，屢屢流行，逐漸確立，幾乎所有的人都受到影響。路易十六的祖父，法國波旁王朝的路易十五，被稱為瑪麗·安托瓦內特的妃子，於1774年死於天花，享年64歲
哥倫布登陸美洲後，天花隨著白人殖民入侵美洲，沒有免疫力的美洲原住民造成了毀滅性的破壞，不僅是白種人，從非洲大陸當奴隸帶來的黑人也成了傳染源。
天花病毒傳到中國的時間大約是在漢代，當時稱為「痘瘡」，晉代知名道士葛洪（283－343年）曾記錄下當時天花大流行的景況
第一個正式歷史記載是495年南北朝時期的齊國與北魏交戰而盛行。頭部和臉部出現皮疹，蔓延至全身，造成許多人死亡，倖存者傷痕累累，顯然是天花。之後，在很短的時間內風靡中國大陸，並於6世紀上半葉傳到朝鮮半島。
日本第一次流行病發生在6世紀中葉，當時許多移民的遷移。彌勒菩薩像是在敏達天皇批准弘法的同時從新羅(朝鮮歷史上的國家之一)送來的，也帶來天花，《日本書紀》中記載：「生瘡將死者，如燒、打、壓」，意思是生瘡，伴重症，疼痛和高燒。
最早的疫苗－天花疫苗
人類早就憑經驗知道天花痘具有很強的免疫力，甚至在現代醫學建立之前，古印度就已經進行了通過接種到人體並引起輕微症狀來獲得免疫力的方法。曾時的種痘就是採取患者身上自然長出的天花膿汁、結痂以此做為痘苗，再讓接種者接觸以出現症狀較為輕微的痘，從中得到天花的免疫力。當時稱這種疫苗接種方式為「人痘法」，做為痘苗的痂或是膿汁則稱為「時苗」。但人痘接種法的風險相當大，基本上和得到天花沒有太大區別，致死率也相當高，古載「苗順者十無一死，苗兇者十只八存」，接種死亡率約20%。
這種接種人痘的方法在18世紀上半葉被帶到英國，然後又被帶到美國，對預防天花非常有用。但是，雖然是輕微的，但實際上卻感染了天花，所以出現了人沒治好就死了的情況，統計數據顯示，接種疫苗的人中約有2%死亡，這是一個安全問題。
十九世紀生產天花疫苗
自18世紀中葉以來，人們就知道那些感染了牛痘的人不會感染天花，天花就是牛受病毒感染的疾病，也會影響人類，但症狀輕微且會留下疤痕。1796年，專注於這一事實並進行研究的英國愛德華·詹納(Edward Jenner)醫師發現擠牛奶的女工很少染上天花。
因為那些女工整天與牛群接觸，常會染上牛痘；而染上牛痘以後就不會罹患天花了。接著對一個八歲的男孩接種了牛痘膿液，隨後又接種了天花膿液，結果發現他沒有染天花，導致了天花疫苗的研製，這是第一種人類疫苗，並開闢了透過接種牛痘（疫苗接種）來預防天花的途徑。他將此物質命名為「疫苗」（英文為「vaccine」，取自拉丁文中意指「牛」的「vacca」一字）。
詹納寫了一篇論文，寄給英國皇家學會，但無人理會，於是他在1798年發表了《牛痘成因與影響研究》，廣泛宣傳了這種接種方法。儘管當時一些醫學界一直反對，但接種牛痘比直接接種天花更安全、更有效，因此這種方法不僅在英國流行，而且迅速傳播到歐洲，從此成為主流。此後，自1930年代以來的研究顯示，用於接種疫苗的病毒是一種稱為牛痘病毒的病毒，不同於天花病毒，但卻是近親，詹納也對牛痘病毒的起源進行了各種研究。在此期間，人們認為牛痘病毒變異成為痘苗病毒，發現使用的痘苗病毒和馬痘病毒的基因組99.7%相同，痘苗病毒其實是馬痘病毒或密切相關的病毒。也就是說，詹納接種的不是牛痘病毒，而是碰巧感染了牛並以此為疫苗的馬痘病毒，而牛痘病毒從未被用於作為接種疫苗之用。
詹納的論文於1799年在維也納被翻譯成拉丁文，即發表後的第二年，隨即被翻譯成德語，1800年被翻譯成法語和意大利語，1801年被翻譯成荷蘭語和西班牙語，1803年被翻譯成葡萄牙語。痘苗也差不多同時到達各國，1800年法國、德國、西班牙、美國開始接種，1801年則是俄羅斯、荷蘭、丹麥、瑞典。
美國第三任總統湯馬斯·傑弗遜（Thomas Jefferson）是美國第一批接種疫苗的人之一，1805年，拿破崙命令全軍接種疫苗，此外，西班牙在1802年實施了一次遠航，將豪豬帶到了偏遠的西班牙領土，從而將豪豬帶到了包括拉丁美洲和菲律賓在內的許多地區。隨著高度安全可靠的預防方法的建立，天花流行此後逐漸消失。天花疫苗的研製，為人類提供了對抗流行病的有力對策，也就是疫苗和預防接種。
與人類纏鬥數千年的天花病毒，終於在1980年5月8日由世界衛生組織（WHO）宣布，天花正式成為第一個於世上絕跡的傳染病。

台大生化博士，曾參與國家大型B型肝炎防治計畫研發疫苗及量產工作。